分子泵負載過大（過載）是一個嚴重問題，會導致泵體過熱、異常噪音、振動加劇，終可能損壞昂貴的分子泵轉子軸承或電機。
分子泵負載過大是系統發出的危險信號。前級真空不足和軸承潤滑失效是常見誘因。必須立即停機，遵循從系統（前級真空、泄漏、工藝氣體）到泵本體（潤滑、冷卻、機械轉動）再到電氣控制（驅動器、電機）的排查順序，由簡入繁。忽視此問題將導致分子泵部件（轉子、軸承）的災難性損壞，造成高昂的維修費用和停機損失。安全操作和及時維護是預防的關鍵。
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