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主營：原位雜交,亞細胞定位,蛋白互作,啟動子篩選
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除了洋蔥亞細胞定位，還有許多其他亞細胞定位方法。其中，比較常見的有：
熒光法：將學方法與熒光標記技術結合起來研究特異蛋白抗原在細胞內分布的方法。由于熒光素所發的熒光可在熒光顯微鏡下檢出，從而可對抗原進行細胞定位。用熒光技術顯示和檢查細胞或組織內抗原或半抗原物質等也稱為熒光細胞(或組織)化學技術。
GFP融合蛋白表達法：將目的蛋白與綠色熒光蛋白(GFP)融合，通過熒光顯微鏡觀察綠色熒光蛋白的表達位置。
亞細胞結構分離定位法。
細胞膜及內膜系統相關的協同作用
黏著斑激酶（FAK）定位于細胞質黏著斑、細胞核和內體中。在細胞質黏著斑中，FAK 通過調控細胞黏著斑的解聚與組裝及多個蛋白質的磷酸化從而調節細胞的增殖和遷移。在內體中，FAK 通過 FERM 結構域定位到內體并被。內體中整合素的信號轉導時間比質膜上持續的時間更長，并且能夠阻止腫1瘤細胞發生失巢凋亡，因此，植物亞細胞定位，內體 FAK 可通過抵抗失巢凋亡促進腫1瘤細胞的轉移。而在細胞核中，FAK 可導致 p53 的多聚泛素化及降解，從而影響正常細胞的存活和腫1瘤細胞的生長。此外，核 FAK 還能夠通過調節細胞的因子和趨化因子的表達促進腫1瘤免疫逃逸的發生。這表明 FAK 在不同亞細胞定位下，與不同的蛋白質協同作用，共同調控腫1瘤的發生和發展。
GFP是綠色熒光蛋白，在掃描共聚焦顯微鏡的激光照射下會發出綠色熒光，從而可以地定位蛋白質的位置。綠色螢光蛋白（GFP）是一個由約238個氨基酸組成的蛋白質，從藍光到紫外線都能使其激發，發出綠色熒光。通過基因工程技術，綠色螢光蛋白(GFP)基因能轉進不同物種的基因組，在后代中持續表達，并且能根據啟動子特異性地表達。
使用GFP必須構建融合蛋白載體，并在轉染之后有效表達。這樣，若在熒光顯微鏡下看到細胞內某一部位存在GFP信號，說明和GFP融合的蛋白也存在于該部位，這樣就達到了確定某物質亞細胞定位的目的。
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